La vraie raison de l'existence de cette colline est ancrée dans l'histoire de la Lituanie. Au cours des siècles, l'endroit s'identifia à la résistance pacifique des Lituaniens catholiques en dépit des menaces auxquelles ils ont dû faire face à travers leur histoire.

Envahie en 1795 par la Russie durant le partage de la Pologne (qui à l'époque formait une fédération avec le Grand-duché de Lituanie), la Lituanie a disparu de la carte de l'Europe. Quand l'ancienne structure politique de l'Europe de l'Est s'effondre en 1918, la Lituanie déclare à nouveau son indépendance. Durant toute cette période, la Colline des Croix a été utilisée par les Lituaniens comme centre de prière pour la paix, pour leur pays et pour l'amour des disparus.

Le 7 septembre 1993, le Pape Jean-Paul II s'est rendu à la Colline des Croix, la déclarant site d'espoir, de paix, d'amour et de sacrifice.